Tras la desocupación militar de Ciudad Universitaria, el movimiento estudiantil mantuvo firme su pliego petitorio y denunció los destrozos del Ejército, mientras la UNAM retomó sus labores y organizaciones sociales exigieron amnistía para los presos políticos.
El 30 de septiembre de 1968, a las 12:30 horas, el general José Hernández Toledo, en representación del Ejército, entregó formalmente las instalaciones de Ciudad Universitaria a Ernesto Patiño Hernández y Octavio Roca Marín, directores de Administración y de Patrimonio Universitario de la UNAM, respectivamente. Minutos después, las tropas comenzaron a desalojar los planteles.
Directores de facultades, escuelas e institutos, junto con el personal administrativo, regresaron a sus labores. Hacia las 14:00 horas, el rector Barros Sierra, acompañado por Fernando Solana, secretario general, retomó sus oficinas en Rectoría. En un comunicado, la UNAM solicitó a cada director y funcionario un informe detallado sobre el estado en que el Ejército dejó los planteles, y exhortó a reanudar labores inmediatas, siguiendo su último discurso ante la Junta de Gobierno.
Mientras tanto, la Unión Nacional de Mujeres Mexicanas y Mujeres de México marcharon del Monumento a la Madre a la Cámara de Diputados, exigiendo la amnistía para todos los presos políticos y la desocupación inmediata de los planteles escolares.
Al caer la noche, ocho representantes del Consejo Nacional de Huelga (CNH) reiteraron en conferencia de prensa en la Facultad de Ciencias que no cederían hasta que se cumplan los seis puntos de su pliego petitorio. Pusieron tres condiciones para dialogar: cese total de la represión, libertad inmediata de los detenidos y salida de las fuerzas del orden de las escuelas.
Negaron que buscaban boicotear los Juegos Olímpicos, pero dejaron claro que los eventos deportivos no pueden postergar las demandas estudiantiles, por lo que nvitaron a los periodistas a ver los daños que dejó el Ejército en bibliotecas, laboratorios y aulas. Ante la pregunta sobre el apoyo del rector, afirmaron: “La lucha estudiantil pertenece a los estudiantes y al pueblo”.
Ese mismo día, el secretario de Educación Pública, Agustín Yáñez, presentó un plan integral de reestructuración educativa, instando a los jóvenes a reflexionar antes de actuar. Por la noche, 500 estudiantes de la UNAM y el IPN se reunieron frente al Hemiciclo a Juárez, pero su mitin fue interrumpido por granaderos, aunque no hubo detenciones. En solidaridad, estudiantes de la Universidad de Nuevo León ocuparon varias facultades, sumándose al movimiento.
El 30 de septiembre de 1968 quedó marcado como un día de retorno a la UNAM bajo la tensión de la lucha estudiantil, que continuaba firme frente a la represión y el reclamo de justicia.
