Las declaraciones de Joaquín Guzmán Loera, retomadas en el libro Los Señores del Narco, apuntaron a supuestos nexos entre funcionarios de Baja California y el Cártel de Tijuana, aunque nunca derivaron en una sentencia contra Ernesto Ruffo Appel.
Ernesto Ruffo Appel, quien pasó a la historia como el primer gobernador del PAN en México, fue señalado por Joaquín “El Chapo” Guzmán Loera de presuntamente brindar protección a los hermanos Arellano Félix, líderes del Cártel de Tijuana, de acuerdo con declaraciones realizadas tras la captura del capo en 1993 y recopiladas posteriormente en el libro Los Señores del Narco, de la periodista Anabel Hernández. Ruffo negó las acusaciones y nunca fue condenado por estos señalamientos.
Según el testimonio atribuido a Guzmán Loera, los Arellano Félix mantenían una relación cercana con el entonces mandatario de Baja California. El exlíder del Cártel de Sinaloa afirmó que Benjamín Arellano Félix le habría comentado que existían negocios con Claudio Ruffo Appel, hermano del gobernador, incluyendo una empresa constructora y farmacias en las que presuntamente figuraba como socio.

Las declaraciones también aseguraban que los Arellano Félix tenían acceso a credenciales de la Policía Judicial de Baja California y que contaban con respaldo de altos funcionarios estatales. Entre los nombres mencionados por Guzmán Loera apareció el del entonces procurador Juan Francisco Franco Ríos, a quien también vinculó con la organización criminal mediante supuestos favores y relaciones de confianza.
No obstante, las acusaciones provinieron exclusivamente de la declaración ministerial de “El Chapo” tras su captura y fueron difundidas años después en la investigación periodística. Ernesto Ruffo Appel rechazó públicamente cualquier vínculo con el crimen organizado, deslindándose de las afirmaciones y sosteniendo que carecían de sustento.
A pesar del impacto mediático que generaron estos señalamientos, no existe una resolución judicial que acreditara responsabilidad penal contra Ruffo Appel por los hechos descritos en dichas declaraciones. El caso permanece como uno de los episodios más controvertidos de la historia política de Baja California, al involucrar los testimonios de uno de los narcotraficantes más conocidos de México y a quien fuera el primer gobernador emanado del Partido Acción Nacional.

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